Data publikacji w serwisie:

RNAcentral - portal poświęcony biologii niekodujących RNA

Od szeregu lat naukowcy badający kwasy rybonukleinowe (RNA) z wiodący laboratoriów z całego prowadzą prace mające na celu opracowanie standardów przechowywania, składowania oraz integrowania danych dotyczących niekodujących RNA (non-coding RNA; ncRNA). W 2021 roku przy udziale pracowników z Zakładu Biologii Obliczeniowej UAM (dr Macieja Szymańskiego oraz prof. Wojciech Karłowskiego) przygotowano i opisano w czasopiśmie Nucleic Acids Research portal RNAcentral, który umożliwia dostęp do aktualnych informacji na temat ncRNA z różnych organizmów.

W artykule opisano platformę RNAcentral, która zapewnia uniwersalne miejsce dostępu do 44 zasobów obliczeniowych związanych z RNA i ponad 18 milionami sekwencji ncRNA z różnych organizmów oraz reprezentujących różne typy cząsteczek RNA. W nowej wersji bazy danych autorzy umieścili informacje o strukturze drugorzędowej (2D) dla ponad 13 milionów sekwencji, dzięki czemu RNAcentral stała się największą na świecie bazą danych struktur 2D RNA. W artykule opisano także wprowadzone aktualizacje usprawniające dostęp użytkownika do zasobów w portalu. Na przykład, wyszukiwanie podobieństwa sekwencji zostało zaktualizowane i oferuje szybszy interfejs oraz możliwość filtrowania wyników wyszukiwania według typu cząsteczki RNA, organizmu, źródłowej bazy danych lub dowolnego słowa kluczowego. Narzędzie do wyszukiwania sekwencji jest dostępne jako komponent sieciowy wielokrotnego użytku i zostało zintegrowane z szeregiem baz danych konsorcjum RNAcentral, w tym Rfam, miRBase i snoDB. Ponadto, aby umożliwić bardziej precyzyjne przypisanie typów i podtypów cząsteczek RNA, autorzy opatrzyli wszystkie sekwencje w RNAcentral adnotacjami i terminami z projektu Ontologii Sekwencji (SO). Baza danych RNAcentral jest na bieżąco aktualizowana i oferuje wolny dostęp do swoich zasobów dla środowiska naukowego.